《亲爱的药王大人》讲述了一株千年的板蓝根，一不小心就变成了骄横大小姐江清韵。不仅没了自由，还被这位大小姐逼着追夫，也就是大兴城赫赫有名的药王大人楚之墨。
可惜这位药王大人油盐不进，就算板蓝根硬王霸上弓都没有得逞，然而缺根筋的板蓝根压根不知道药王大人早就爱上了她。在经历诸多事情之后，两个人最终走到了一起。
千年前，女主只是一颗小小的仙草，然而它爱上了一位神仙，为了他什么都可以做。在他不敌瘟神的时候，女主救他连命都不要了。这场战役结束后，女主也失去了三魂六魄。
后来听说神仙为了救他，下凡变成了药王楚之墨。而女主也紧跟神仙的步伐，变成了一颗小小的板蓝根，生活在药王谷。
过了很长很长的一段时间，到了女主化成人形的时候了。然而平静的日子没过多久，采药的人来了，吓得大家四处逃窜，女主也遭到了毒手，被采去当了药材。
本以为她就这样领盒饭了，没想到意外地变成了大小姐江清韵。她一开始还没意识到自己穿到了大小姐身上，还以为是自己化成人形了。
大小姐的父亲看到了女主反常的举动，还以为她脑子摔坏了。折腾了一番后，看到了镜子里面的自己。从丫环的口中得知，这具身体的主人之前吵着要嫁给男主。
事情还要从那一天说起，女主和丫环在街上买饰品，偶然间从马车的窗帘缝隙中看到了男主帅气的容颜，从此就一发不可收拾地爱上男主了。
不知道是不是巧合，当初大小姐昏迷的时候，是男主拿着千年板蓝根将她治好的。也就是说，女主变成现在这个样子，都是男主一手造成的。
然而男主这个罪魁祸首还在悠哉悠哉地喝着茶，偶尔询问一下大小姐的状况。可女主就没有那么好的耐心了，直接想回到药王谷重新修炼。
还没跑到一半就被父亲拦了下来，挣扎了一番之后闻到了一股熟悉的味道。一开始闻着是香的，还没过一会儿就发现了男主身上的味道不对劲，直接说男主有毒。
这一句话一下子就引起了男主的注意，可还没正眼看几眼，女主就出问题了，内心一直有一个声音在告诉她离男主近一点。如果没猜错的话，这个声音的主人就是原本的江家大小姐。