江戸时代。贫しくて医者にかかれない者たちのために作られた小石川养生所。
所长の新出去定（にいで?きょじょう／船越英一郎）は、ある人には恐れを、ある人には亲しみを込めて「赤ひげ」と呼ばれている。保本登（中村苍）や津川玄三（前田公辉）らの医师に加え、やる気だけはある新人医师?田山真一郎(铃木康介)も交えて今日も贫しい者たちの医疗に奋闘中。だが、幕府からは常に予算を削られて、やりくりは四苦八苦。そして养生所には赤ひげの命を狙う游女?およね（佐津川爱美）をはじめ、つらい事情や秘密を抱えた訳ありの患者たちがやってくる???。