爱在风起云涌时剧情以千年腐朽的封建专制制度被推翻的大格局为时代背景，真实再现清末民初广州黄花岗起义，展现了小人物历经人生变数成长为英雄的悲壮命运和感人爱情。
1911年4月，市井小人物李沛均意外结识革命党人温汉才，为救心上人温静玉，他联手温汉才暗杀广东水师提督李准，却遭人陷害，温汉才不幸遇难。
李沛均深受震撼，主动请缨加入暗杀团，为温汉才大哥报仇。不料此次行动遭奸细陷害，一直隐藏幕后的暗杀团团长“剑亭兄”真实身份暴露，他就是国画大师高昆仑。李沛均再次暗杀李准时，幸得温静玉献唱《碧血黄花》引开视线，李准震怒，将她软禁，李沛均也遭被捕。温静玉无奈只得以“下嫁”为条件换李沛均一命。
李沛均在大牢中结识刘思复，两人相助下逃出绝境，李沛均得到高昆仑信任与嘉许，被委以重任。因凤山出任广州将军，李准转头向暗杀团求和，联手行刺凤山，李沛均埋伏于凤山之行半途，温静玉此时为送情报与凤山亦在此相遇，危急之时李沛均忍痛扳动炸药机关，凤山成功被铲除，温静玉却也香消玉损。